Основанный в конце XIV века Зачатьевский собор, как и все другие строения обители, был деревянным. В 1686 году деревянный храм разобрали, на его месте построили каменный собор, освященный митрополитом Ионой (Сысоевичем) во имя Живоначальной Троицы. Подобно другим; храмам, построенным в это время собор имел шатровую колокольню о шести колоколах. В 1725 году усердием епископа Ростовского Георгия (Дашкова) был пристроен к Троицкому собору с северной стороны каменный Зачатьевский придел. В 1754 году по указу святителя Арсения (Мацеевича; † 1772) соборный храм обители был переосвящен в честь Зачатия праведной Анною Пресвятой Богородицы, а придел — в честь святителя Иакова. В Зачатьевском соборе хранились чудотворная Ватопедская икона и особо чтимая Боголюбская икона Пресвятой Богородицы с припадающими Ростовскими чудотворцами. Обе эти иконы принадлежали святителю Димитрию и были принесены в храм вслед за его гробом. Они почитались богомольцами еще до обретения святых мощей святителя Димитрия, в последующие годы были богато украшены. Именно с Зачатьевской церковью связано волнующее событие в духовной жизни России второй половины XVIII века — обретение святых мощей Димитрия, митрополита Ростовского. Перед входом в храм в 1836 году построена паперть, внутри она была расписана фресками. На паперти есть гробницы в виде саркофагов, слева погребены гробовой иеромонах Амфилохий (†1824) и архимандрит Иннокентий (†1847), справа — Полежаевы Михаил Михайлович (†1876) и Вера Леонтьевна (†1885). В б0-е годы XVIII века в собор был поставлен деревянный резной иконостас, выполненный специально для Зачатьевского храма резчиками С. Шоломотовым и С. Бочаровым. Иконы для иконостаса написал в 1780 году харьковский иконописец В. Вендерский. Как произведение художественной резьбы по дереву, иконостас Зачатьевского храма относится к уникальным памятникам прикладного искусства русского барокко, но в интерьере храма XVII века он выглядел чужеродным, что в прошлом веке отмечали многие паломники, в том числе и Государь Император Николай II во время посещения обители в 1913 году. В 1980-е годы резной иконостас был разобран.

Дмитровский храм.

1795—1801 годах в обители была построена церковь во имя Ростовского святителя Димитрия, чудотворца. Строительство велось в основном на средства графа Николая Петровича Шереметева его крепостными архитекторами Душкиным и Мироновым. Граф Н. П. Шереметев был самым крупным благотворителем Спасо-Иаковлевской Димитриевой обители, которую в течение всей своей жизни не забывал. Кроме денег он присылал сюда облачения, золотую и серебряную церковную утварь. Даже после смерти Н.П.Шереметева монастырь получил золотую митру с драгоценными камнями на раку с мощами святителя Димитрия, выполненную в Санкт-Петербурге по завещанию графа.

Граф Н.П.Шереметев стремился построить храм, достойный святых мощей великого угодника Божия, это и определило торжественный стиль постройки. По окончании же строительства высшее духовенство, приняв во внимание завещание самого святителя Димитрия, не благословило перенесение мощей святителя из Зачатьевской церкви во вновь построенный храм. Лишь начиная с 1909 года мощи ежегодно с 25 мая по 28 октября пребывали в храме его имени. Перенесение мощей всегда сопровождалось торжественным крестным ходом вокруг монастыря при большом стечении народа. В трапезной были устроены два придела: слева — святого великомученика Димитрия Солунского, справа — святителя Николая Чудотворца — Небесных покровителей святителя Димитрия и графа Николая Петровича Шереметева. Димитриевский храм был холодным, приделы же его отапливались, и здесь в течение всего года совершалась ранняя Литургия, за которой поминали род Шереметевых.

Церковь во имя святителя Ростовского Иакова.

Храм во имя основателя обители святителя Иакова был построен 1836 году на месте Иаковлевского придела Зачатьевского собора. Строительство храма было осуществлено усердием архимандрита Иннокентия на средства графини Анны Алексеевны Орловой-Чесменской.